伊索战后完全被摧毁了，现在原本葱翠美丽的星球消失，现在布满了被生化武器毒化后的黑色淤泥状物质。整个银河系震惊于这个消息。
科兰·霍恩成了新共和国的替罪羊，在政客们有意引导下，被很多人认为是造成造成伊索悲剧的元凶，甚至很多人都开始责怪绝地。科兰·霍恩因为被感知到黑暗面倾向遭到驱逐，他回到了家乡科雷利亚。
战争爆发已经差不多半年时间了，在恐惧和谎言下，遇战疯的间谍很容易在侵略线以外的星球煽动起了叛乱。那些投敌叛乱的人公开与遇战疯合作，还成立了一个所谓“和平旅”的叛国组织。甚至在新共和国议会里，遇战疯还发展出了身为议员的高层间谍。
纳斯·乔卡成为了伊索战役后遇战疯侵略军的最高指挥官。战争形式非常不利，已经约有三十个星系落入了遇战疯手中。新共和国不得不颁布了银河征兵法令，所有的造船厂等军工设施都加倍速度地生产着。
遇战疯为了诱导新共和国方面进行错误的防御计划，在最高指挥官纳斯·乔卡的指挥下攻占廷纳，而他们的真正目标是拥有重要造船厂的芳铎星。
遇战疯的主力到达芳铎与海皮斯人舰队交战时，被汉·索洛的表弟萨尔·索洛消灭了大半。
萨尔·索洛操控古老的中端站，发射了强大的反重力能量束。能量束穿越超空间，直接划过了芳铎星空中遇战疯与海皮斯人的战场。当场摧毁了遇战疯超过半数的舰队与海皮斯人四分之三的舰队。
萨尔·索洛成了芳铎的英雄，无辜遭受沉重损失的海皮斯人，转而投向了遇战疯。帮助萨尔·索洛操控中端站的绝地武士，更加遭到新共和国的排斥。
这座中端站年代十分久远，远在旧共和国时期就已经存在了。经过考古学家证明，科雷利亚星系，就是远古的时候人们，通过中端站移动行星到现在的位置，所形成的。当然强大的中端站还是一个恐怖的武器，他所发射的反重力能量束还能用来破坏行星，被击中的行星会在巨大的重力流中崩塌他们的核心。
东晨这时已经回到了机械帝国的秘密基地，他正在研究着在伊索星得到的那些战利品。
这次行动的主要目标就是巴福尔树，这种树根据研究资料显示，竟然和东晨的设计的蜂群意识有异曲同工之处。巴福尔树非常特别只要在同一片森林超过七颗，就能形成简单的群体思维，再增加数量的话他们就会变得更加聪明。巴福尔树能通过心灵感应沟通这片森林中的一切动物植物，这不禁让东晨联想到了《阿凡达》。
联想到《阿凡达》，东晨发现自己这次苏醒后，竟然一直都没注意到的一个问题。他现在虽然能记得《阿凡达》故事梗概，但是具体故事的细节，当中人物的名字是怎么也想不清楚记不完全！
这让东晨有点惊慌，一直以来他都能完全回忆电影细节的。现在突然发现异常情况，东晨失去了在电影世界中的一大优势。现在没了系统不能兑换和储存物品，还不能完全了解所遇到的电影走向。东晨叹了口气：“唉，多想无益，走一步看一步以后再说吧。”
巴福尔树被东晨移植了很多到塔科达纳的森林中，那里成了这些树的培育基地。虽然移植树木和采集花粉都很成功。但是毕竟树木的数量有限得到的花粉很少，只够研究使用。东晨联系了蜂群主脑分配了研究“合成巴福尔树花粉”的任务。这项研究东晨很重视，让蜂群主脑列在了优先级，分配了大量算力。
关于另一个在伊索的目标，遇战疯战机战舰。其中最最重要的就是，现在被银河系中研究着命名为“多文基座”的生物装置。“多文基座”这个能操控引力的生物装置，对于遇战疯来说十分关键。如果能够研究透彻，对于与遇战疯的战争，会有非常大的帮助。
东晨和蜂群主脑则研究进度很不理想。装有“多文基座”的“珊瑚跳跃者”，它是通过一种神经系统来控制和协调各种生物装置的，如果没有遇战疯人的亲自操控则整艘生物战机都完全无法控制。还有就是“多文基座”只要从珊瑚跳跃者中取出，它们虽然会保持一段时间的活性不会死亡，但会对外界失去所有反应。东晨现在还真是无从下手。
遇战疯战机战舰的主要构成材料，都是尤里克珊瑚。东晨对这种生物材料也很感兴趣。很可惜现在暂时没法利用，他还没找到方法进行培育并且塑形。这些珊瑚被塑造成型后，能自行修复所受到的攻击，还能通过吸收矿石和残骸来加固自己，对能量和物理攻击都有很好的防御效果。有一个且缺点就是整体损伤到一定程度，尤里克珊瑚这种共生生物就会切断与共生体的连接，进入一种自我保护状态。它所构成的战机或战舰将会整体失控。
2个月后通过一系列的研究与建造，高效的机械帝国终于拥有了对付遇战疯的秘密武器。通过东晨的设计，蜂群主脑的计算，他们仿造中端站的攻击模式，终于开发出了能发射反重力能量束的超级武器。虽然因为时间与体积的原因，暂时不能达到能达到中端站那种恐怖的程度，但是作为武器现在已经能够使用了！后续蜂群主脑还制定了一系列的改造计划，能通过2年的改造，逐渐就能达到中端站的威力！
东晨为这超级武器取名“幽冥”。他被安置在一个遮蔽太阳的秘密基地里，为了这个超级武器，蜂群主脑专门留下足够防卫力量后，把基地中的所有耗能设施都搬离了这里。这个星系的太阳成了专门为这秘密武器供能的能量源。
经过控制能量输出的小威力的测试。蜂群主脑计算后确定，再经过2次改造“幽冥”全力输出，就能基本达到击毁行星的威力，“幽冥”的攻击都是通过超空间进行，虽然能够探查到，但是基本无从防御。
遇战疯人发起了疯狂的报复，他们对赫特人的星系进行了全面进攻！很快伊莱西亚、纳尔赫塔与纳沙达都陷落了，赫特人遭到了大屠杀。赫特人被迫撤退到塔图因，他们成立赫特地下抵抗组织，与遇战疯继续斗争着。
战帅察疯·拉终于抵达前线，他改变了遇战疯的战术风格。竟然一步步切断了科雷利亚航路和佩勒米亚贸易航路。这一行动对银河系的核心世界造成了巨大的影响。
局势进一步恶化了！东晨了解后，决定先联系卢克，再采取行动。他感觉现在局势非常微妙，一定不能随便行动。